全国政协委员、经济学家吴敬琏对于设立创业板的关切一直没有懈怠。最近几年，吴敬琏有关支持设立创业板的论述时常能见诸报端。2003年“两会”期间，面对种种对创业板的质疑，吴敬琏再度重申了“支持创业板尽早设立”的立场。他强调说，目前世界各国的创业板虽然都不成功，但最紧要的问题是要认真总结历史经验。

　　吴敬琏认为，目前科技成果产业化难以实现的原因在于缺少资金供应和缺少创新机制，应当争取早日建立创业板市场和开放柜台交易，完善风险投资的退出通道。中国内地尽早开办创业板市场很有必要，条件也基本具备。对于创业板市场会不会重蹈主板市场覆辙的疑虑，吴敬琏的判断是：“有可能能避免。”他详细分析说，主板市场不正常的主要原因是过去“向国有企业倾斜”而放松了对上市公司和市场的监管，但创业板市场与主板市场有一个基本的不同点，就是创业板不以国企为主，只要真正按照国际惯例和市场方式严格监管，目前所顾虑到的一些问题完全可以解决，应当比较容易克服规范主板市场当初遇到的障碍，实现“三公”。同时他也表示，我们建立的创业板市场不同于纳斯达克，不是从柜台交易演变过来，而是从主板市场演变过来，没有“做市商”制度，因此能够起到的作用也比纳斯达克小，他个人认为应该在整个市场健康发展的前提下开放柜台交易。

　　吴敬琏并不赞成“怕创业板分流主板市场资金”的观点，怕主板市场股价下降而阻止建立创业板市场的观点。他指出，股市的设立不是为了保护现有主板市场投资者的利益，而是实现资本的最佳配置。他说：“人们有许多担心，比如担心主板市场混乱，二板也会混乱，香港创业板不成功，国内创业板设立能否成功？我认为，只要监管到位，吸取香港的经验教训，就应该积极设立。”吴敬琏还认为,为了改善创业企业的金融环境,除建设创业板市场外,还需要进行多方面的努力。吴敬琏认为,资本市场的发展必须有多个层次协调发展。这个体系之中既包括主板市场,又包括创业板市场,还包括债券市场。